Nguyên nhân được xác định chủ yếu do Nghị định số 46/2026/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều và biện pháp tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật An toàn thực phẩm có hiệu lực ngay, trong khi chưa có văn bản hướng dẫn chi tiết về phương thức kiểm tra, trình tự lấy mẫu, thời gian kiểm nghiệm; đồng thời chưa có quy định chuyển tiếp đối với các lô hàng đã nhập khẩu hoặc đang làm thủ tục trước thời điểm Nghị định có hiệu lực.

Việc áp dụng đồng loạt phương thức kiểm tra mới với thời gian trả kết quả từ 5–7 ngày đã tạo áp lực lớn cho cơ quan kiểm tra, hệ thống kiểm nghiệm cũng như doanh nghiệp nhập khẩu, đặc biệt đối với các mặt hàng tươi sống, dễ hư hỏng, dẫn đến hàng hóa bị tồn đọng tại cửa khẩu.

Trước tình hình trên, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đã phối hợp Bộ Y tế, các cơ quan kiểm dịch và hải quan rà soát, tháo gỡ vướng mắc, khẩn trương xử lý tồn đọng. Đến chiều 31/1, tình trạng ách tắc tại nhiều cửa khẩu trọng điểm đã cơ bản được giải quyết. Bộ Nông nghiệp và Môi trường đang tổng hợp báo cáo Chính phủ để sớm có hướng dẫn thống nhất, bảo đảm thông quan hàng hóa và quyền lợi doanh nghiệp.

Trước đó, Cục Hải quan đã có văn bản gửi các bộ, ngành liên quan đề nghị khẩn trương tháo gỡ vướng mắc, bảo đảm vừa kiểm soát an toàn thực phẩm, vừa tránh ách tắc, hư hỏng hàng hóa. Đồng thời chỉ đạo các Chi cục Hải quan khu vực tăng cường ứng trực, kịp thời thực hiện thủ tục thông quan ngay khi các Bộ chuyên ngành có biện pháp tháo gỡ các vướng mắc nêu trên.