Theo Bộ Y tế, việc quản lý an toàn thực phẩm được quy định tại Luật An toàn thực phẩm, trong đó quản lý an toàn thực phẩm của các bộ: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (nay là Bộ Nông nghiệp và Môi trường), Công Thương và UBND các cấp. Việc công bố và đăng ký bản công bố sản phẩm thực phẩm được quy định tại nghị định 15/2018 của Chính phủ . Theo nghị định 15, UBND cấp tỉnh có trách nhiệm "tổ chức tiếp nhận và quản lý hồ sơ, cấp giấy tiếp nhận bản công bố sản phẩm, giấy xác nhận nội dung quảng cáo đối với các sản phẩm dinh dưỡng y học, thực phẩm dùng cho chế độ ăn đặc biệt, sản phẩm dinh dưỡng dùng cho trẻ đến 36 tháng tuổi".

Ngoài ra nghị định 15 cũng quy định rõ trách nhiệm của các bộ, ngành, địa phương đối với việc quản lý các nhóm thực phẩm cụ thể và trách nhiệm trong thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm. Trong đó quy định UBND cấp tỉnh thực hiện quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm trên phạm vi địa phương, chịu trách nhiệm trước Chính phủ về an toàn thực phẩm tại địa phương tổ chức xử lý vi phạm pháp luật về an toàn thực phẩm theo quy định; chịu trách nhiệm trước Chính phủ và trước pháp luật khi để xảy ra vi phạm pháp luật về an toàn thực phẩm trên địa bàn.

Riêng đối với vụ việc sản xuất, buôn bán và tiêu thụ sữa bột giả có quy mô lớn, hoạt động trên địa bàn thành phố Hà Nội và các tỉnh lân cận, hiện Bộ Y tế đã và sẽ tiếp tục phối hợp chặt chẽ với Bộ Công an về các vấn đề chuyên môn để Bộ Công an có căn cứ xử lý đúng pháp luật, truy cứu rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan" đồng thời Bộ Y tế đã phối hợp với Bộ Công an và các bộ, ngành liên quan nghiên cứu, đề xuất tăng chế tài xử lý vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm đối với các nhóm hành vi hay vi phạm.