Theo Thanh tra Chính phủ, kết quả thanh tra cho thấy những sai phạm trong quá trình triển khai 2 dự án có tính hệ thống, vi phạm sau có nguyên nhân từ vi phạm trước; có yếu tố chủ quan xảy ra ở hầu hết các khâu, từ chuẩn bị đầu tư đến thực hiện đầu tư; từ phê duyệt chủ trương, kế hoạch lựa chọn nhà thầu; tổ chức đấu thầu; lựa chọn, ký kết và thực hiện các gói thầu.

Căn cứ kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ, kết luận của các cơ quan có thẩm quyền khác và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Y tế kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với Bộ trưởng, Thứ trưởng được phân công phụ trách 2 dự án (theo từng thời kỳ) liên quan đến vi phạm, sai phạm; kiểm điểm theo quy định của pháp luật đối với Thứ trưởng có liên quan đến vi phạm khác của Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm (Ban YTTĐ) được chỉ ra tại kết luận thanh tra.