Theo kết luận thanh tra, UBND quận Ninh Kiều (cũ) báo cáo diện tích đã giải phóng mặt bằng (trong đó diện tích đất lúa trên 10 ha) làm cơ sở để Sở Tài nguyên – Môi trường tham mưu UBND TP Cần Thơ giao đất cho nhà đầu tư thực hiện dự án (giao 3 đợt) có diện tích đất trồng lúa trên 10 ha nhưng không có văn bản chấp thuận của Thủ tướng Chính phủ theo quy định, có dấu hiệu vi phạm quy định về quản lý đất đai theo Điều 229 Bộ luật Hình sự năm 2015.

Việc ban hành quyết định giao đất khi dự án chưa hoàn thành công tác giải phóng mặt bằng cũng chưa đúng quy định. Việc xác định giá đất cụ thể để tính tiền sử dụng đất khi giao đất cho nhà đầu tư chưa theo quy định. Cơ quan thuế khấu trừ và phân bổ chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng vào tiền sử dụng đất phải nộp khi giao đất cho nhà đầu tư chưa đảm bảo quy định dẫn đến giảm thu ngân sách hơn 25,6 tỷ đồng.

Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị xử lý và Cơ quan thuế đã thực hiện truy thu số tiền chênh lệch nộp ngân sách Nhà nước. Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư quận Ninh Kiều (cũ) chưa tham mưu xây dựng kế hoạch thu hồi đất theo quỵ định; tính sai phương án bồi thường, hỗ trợ về đất với số tiền hơn 93 triệu đồng; bồi thường cây lâu năm trồng trên đất trồng lúa không đúng quy định; chưa hoàn thành việc bàn giao nền tái định cư cho các hộ dân bị ảnh hưởng bởi dự án.