Trong vụ án này, cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long bị đưa ra xét xử về “Nhận hối lộ”. Bị cáo Phan Quốc Việt bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố hai tội danh: “Đưa hối lộ” và “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”. Cựu Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Chu Ngọc Anh và cựu Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Phạm Công Tạc bị truy tố cùng tội danh: “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. 34 bị cáo còn lại bị truy tố về các tội: “Vi phạm quy định về quản lý tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”, “Đưa hối lộ”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” và “Lợi dụng ảnh hưởng đối với người có chức vụ, quyền hạn để trục lợi”.