Hiện nay việc khởi tạo dữ liệu trên Hệ thống Hồ sơ sức khỏe điện tử Thành phố đã ghi nhận được những kết quả ban đầu. Theo đó, đã hoàn thành thí điểm việc kết nối, liên thông từ hệ thống và dữ liệu khám chữa bệnh từ 02 bệnh viện Xanh Pôn và Đức Giang, đồng thời bổ sung thêm 6 trường dữ liệu. 

Việc kết nối thí điểm liên thông dữ liệu BHYT dự kiến được áp dụng thí điểm tại cơ sở khám chữa bệnh tại 10 địa phương, gồm: UBND các quận, huyện (Mỹ Đức, Hoài Đức, Ba Vì, Hà Đông, Đông Anh, Sóc Sơn, Mê Linh); các bệnh viên thuộc Thành phố, gồm: Hòe Nhai, Thanh Nhàn.

Bên cạnh dữ liệu cần có sự chuẩn hóa, đồng bộ thì vướng mắc từ cơ sở hạ tầng, hay vấn đề về bảo mật an ninh an toàn cũng đang là bài toán được 1 số bệnh viện đưa ra khi triển khai hổ sơ sức khỏe điện tử.

Việc chưa có quy định pháp lý cụ thể liên quan đến việc kết nối, chia sẻ dữ liệu giữa Hệ thống Hồ sơ sức khỏe điện tử thành phố Hà Nội với Cơ sở dữ liệu quốc gia về Bảo hiểm cũng là 1 trong những điểm nghẽn hiện nay.

Hiện các đơn vị của Bộ Công an cũng đã tập trung nhiều giải pháp nhằm hỗ trợ cho Hà Nội nhằm bảo đảm tiến độ cũng như yêu cầu đặt ra đối với hồ sơ sức khỏe điện tử.