Trên cơ sở kết luận thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ GTVT kiểm điểm để xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân lãnh đạo Bộ GTVT có liên quan trong việc để xảy ra các tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, vi phạm trong việc tái cơ cấu doanh nghiệp Nhà nước (sắp xếp lại, cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước, doanh nghiệp cổ phần hóa sang kinh doanh đất, xây dựng nhà ở giai đoạn 2011 - 2021).

Chỉ đạo Ủy ban Quản lý vốn nhà nước xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân lãnh đạo Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp có liên quan để xảy ra các tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, vi phạm trong việc chậm quyết toán tại Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam VIMC, Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam ACV; trong việc chậm tham mưu đối với các cấp có thẩm quyền để Bệnh viện GTVT sau khi cổ phần hóa hoạt động trong thời gian dài không hiệu quả.

Về xử lý kinh tế, Bộ GTVT xem xét trách nhiệm, bồi thường thiệt hại (nếu có) và xử lý theo đúng quy định của pháp luật đối với việc giảm vốn, mất vốn nhà nước khi cổ phần hoá, thoái vốn với giá trị hơn 396 tỷ đồng.

Quá trình thực hiện kết luận thanh tra, trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật, gây thiệt hại tài sản của nhà nước thì cơ quan, đơn vị có chức năng chuyển thông tin hồ sơ sang cơ quan Công an để xử lý theo quy định của pháp luật.